Przepiórki mogą chorować na wiele chorób drobiu, większość tych samych chorób dotyka w równym stopniu dotyka przepiórki, bażanty i np. pawie. Jednakże dzięki utrzymywaniu ich w zamkniętych pomieszczeniach, w bateriach, na rusztowych podłogach, są mniej od innych gatunków drobiu narażone na zakażenia. Oczywiście, złe warunki higieniczne wpływają tak samo, jak u pozostałych ptaków, zarówno na zachorowania, jak i obniżenie produkcyjności, a w związku z tym opłacalność prowadzonej fermy.
Poidła myje się i spłukuje pod bieżącą wodą codziennie tym bardziej, że zwykle są one wspólne, gdyż przechodzą przez całą długość baterii i zakażenie przechodzi nimi jak pożar. Karmidełka myje się 1-2 razy na tydzień. Nawóz usuwa się codziennie, a tylko w szczególnie uzasadnionym wypadku, np. trzymając pojedynczo sztuki hodowlane, można sprzątać co drugi dzień, tj. codziennie połowę klatek.
Baterie odkaża się co miesiąc, a metalowe i ze sztucznych tworzyw - co 3 miesiące. W tym celu ptaki usuwa się z baterii, wyjmuje z niej cały sprzęt, po czym szczotką maczaną w roztworze szarego mydła szoruje się wszystkie ścianki klatek, polewając bieżącą wodą z gumowego węża. Wszelkie załomki i kąty szoruje się wygiętą szczotką kuchenną. Klatki drewniane oskrobuje się z nawozu szpachelką i drucianą szczotką, obmiata, spryskuje roztworem świeżo gaszonego wapna z dodatkiem 3% formaliny, za pomocą pistoletu malarskiego, można także zakupić dedykowane środki dezynfekcyjne jak np. Virkon.
Przy zakażeniach pierwotniakami (np. kokcydiozie) należy stosować 5-8% wodny roztwór amoniaku. Przy zakażeniu bakteryjnym (np. Salmonella przepiórek ) 2% ług sodowy lub 3-5% wapno chlorowane albo 5-6% kreolinę lub formalinę. Przy gruźlicy - 3% formaliny, 5% kwasu karbolowego, 3-5% wapna chlorowanego. Wszystkie nękające ptaki choroby można najogólniej podzielić na następujące działy: choroby spowodowane trzymaniem w nieodpowiednim środowisku (wilgoć, przeciągi), nieprawidłowym żywieniem (niedobory mineralne, witaminowe, białkowe itp.), zatruciami; choroby inwazyjne (pasożyty wewnętrzne i zewnętrzne); choroby zaraźliwe wywoływane bakteriami, wirusami, grzybkami, pierwotniakami oraz zatrucia (22).